Agoa est géré par l’Agence des aires marines protégées et dirigé par un conseil de gestion.
Après une première réunion en Martinique le 21 mai 2015, ce conseil a tenu son second meeting à Saint-Martin, le 6 novembre 2015. Les 53 membres du conseil de gestion d’Agoa ont travaillé sur un ordre du jour chargé, l’un des points-phare étant le résultat d’une grande étude sur l’activité commerciale dans les eaux d’Agoa, qui représente une menace potentielle pour les mammifères marins. Ils ont réfléchi aux mesures à prendre pour renforcer la protection de ces grands animaux et ont décidé, par exemple, que les opérateurs de «whalewatching» bénéficieraient à l’avenir d’une formation visant à leur inculquer les meilleurs comportements en mer et à mieux connaître les différentes espèces et leur mode de vie. À plus long terme, les grands navires, paquebots et bateaux de transport, qui représentent un danger de collision potentielle avec les grands mammifères marins, seront sensibilisés à la nécessaire prise en compte de leur protection. Le conseil a accueilli avec bonheur la création du sanctuaire Yarari et a officiellement proposé que les deux zones marines protégées soient jumelées.