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Un suivi scientifique des fonds marins a été mis en place dans la Réserve naturelle de Saint-Martin depuis 2007.
Chaque année, sur des périmètres bien définis, les coraux de moins de deux centimètres sont répertoriés, les lambis et les oursins diadèmes comptés et mesurés, les herbiers de phanérogames inventoriés et la couverture du substrat vérifiée.
Les herbiers sont la nurserie de nombreuses espèces, auxquelles ils offrent abri et nourriture.
Ces plantes, écosystème fragile et menacé, jouent un rôle déterminant dans l'épuration des eaux littorales.
Les récifs coraliens protègent la côte de la houle et servent d’habitat, de garde-manger, de refuge et de nurserie à des milliers d’espèces.
Les ancres des bateaux arrachent les plantes sous-marines et les coraux, les chaînes les détruisent sur toute leur longueur, alors que ces espèces ont besoin de dizaines d’années pour cicatriser.
C’est pourquoi les bateaux doivent utiliser les corps-morts mis à leur disposition ou poser leur ancre sur les zones sableuses. Il est interdit de casser et d’abîmer les récifs avec les palmes.
La pêche est interdite dans la Réserve naturelle et tout prélèvement y est strictement interdit
